El muestreo de agua es importante debido a que los resultados de su análisis fisicoquímico o microbiológico describirán las características del medio (fuente de agua, efluentes, agua residual, etc). Los muestreos pueden ser simples o compuestos y su representatividad dependerá de los criterios de elección de la zona donde se desea ver la calidad de agua.
Ecología y Ciencia S.R.L. realiza proyectos de instrumentación para muestreo por medio de la  siguiente instrumentación:
· Muestreo automático
· Muestreo automático refrigerado